Bilim

Kullanılmış DNA’da Keşfedilen Yeni Bilinmeyen Virüs

Bir tesadüf sonucu yapılan keşif, bilinmeyen virüsleri bulmanın yeni bir yöntemini ortaya çıkarmıştır.

Oxford Üniversitesi Zooloji Bölümü’nden bilim adamları araştırmalarında, Next Generation Sequencing’in ve bununla ilişkili çevrimiçi DNA veritabanlarının viral keşif alanında kullanılabileceğini ortaya koydu.

Balık kanında veya doku örneklerinde görülen virüslerden DNA tespit eden algoritmalar geliştirdiler ve bunları farklı türlerdeki virüsleri tanımlamak için kullanılabilecekler.

Yeni Nesil Dizileme, genomik araştırmalar için devrim yarattı. Şu anda genetik materyali incelemek ve anlamak için kullanılmaktadır.

Bilim adamları, DNA‘nın tek bir parçasından çok fazla miktarda veri toplamasına ve daha sonra kamuya açık büyük, çevrimiçi genom veritabanlarına harmanlanmasına olanak tanır.

Oxford’un Zooloji Departmanı’ndaki Araştırma Görevlileri Dr. Aris Katzourakis ve Dr Amr Aswad, başlangıçta veritabanının yeni kullanımını şans eseri keşfetti.

Primatlarda eski bir herpes virüsü ararken, belgesiz iki yeni virüs bulgusu buldular.

Kazayla yapılan keşfedilmelerinin peşinden gittiler, aynı sonuca kasıtlı olarak ulaşıp ulaşamayacaklarını görmek için yola çıktılar. Yeni balıklara bulaşan herpes virüslerini bulmak için ayrı bir projede, 50’den fazla balık genomunu tanınabilir viral DNA için incelerken bu tekniği kullandılar.

Araştırmacılar, bulmayı bekledikleri herpes virüslerine ek olarak, olağandışı virüslerden uzak bir virüs buldular. Hatta bulunan bu virüs yeni viral bir aile olabilir.

Özellikleri, Atlantik somonu ve gökkuşağı alabalığı da dahil olmak üzere 15 farklı balık türünün parçalarına dağılmış olarak bulundu.

Viral kanıtların basit bir tesadüf veya bir veri işleme hatası olmadığını onaylamak için yerel bir süpermarket ve suşi restoranından ek örnekler test ettiler.

Satın alınan örneklerde aynı viral fragmanlar bulundu.

Oxford Üniversitesi Zooloji Bölümü’nden araştırmacı Dr Aris Katzourakis şunları söyledi: “Somon genomunda, tam ve bağımsız bir viral genomun yanı sıra, balık DNA‘sına entegre olmuş düzinelerce viral DNA parçası gibi görünen şeyleri bulduk.”

“Son çalışmalarımızdan, virüslerin konakçılarının genomuna entegre olabildiğini, bazen orada milyonlarca yıldır kaldıklarını biliyoruz. Bu durumda, virüsün somonun kendisinden bir gen çalmak suretiyle entegre olma yeteneğini kazanmış olabilir şeklinde somon genomunda nasıl yaygınlaştığı açıklanabilir gibi görünüyor. ” dedi.

Bu araştırmanın başarısının anahtarı, iki alandaki teknikleri bir araya getiren, disiplinler arası yaklaşımıdır. Bunlar; evrimsel biyoloji ve genomik.

Birlikte, paleovirolojinin yeni alanının DNA‘larını, bazen milyonlarca yıl önce ev sahiplerinin DNA‘larına entegre eden eski virüslerin incelenmesinin merkezinde yer alıyor. Kullanılan her teknik DNA dizi verisinin büyük miktarlarını analiz etmek için geliştirilmiştir.

Oxford’un Zooloji Bölümü ve St. Hilda’nın Koleji’nden Dr. Amr Aswad’ın ortak yazarı ve Araştırma Görevlisi, “Yeni virüslerin keşfedilmesi, geçmişte hastalığın semptomlarını gösteren insanlara ve hayvanlara yönelik bir önyargıyla yapıldı. Ancak araştırmamız, yeni nesil DNA dizilemesinin viral tanımlamada ne kadar faydalı olabileceğini göstermektedir.”

“Şempanze veya şahin verileri, birçok viral DNA‘ya göre bir sıkıntı ve sonuçlardan filtrelenmesi gereken haydut bir kirleticidir. Ancak, araştırmalarımızda bulduğumuz gibi, araştırmaya değer yeni virüsler içerebildikleri için bunları istismar edilmek için bekleyen bir fırsat olarak düşünüyoruz. Çok değerli verileri boşa harcıyor olabiliriz.” dedi.

Yeni virüs bulma, tarihsel olarak kolay bir süreç değildi. Hücreler tek başına büyümez. Bu nedenle, analiz edilemeden aylarca çalışma gerektiren bir laboratuarda kültive edilmelidir. Ancak Oxford araştırması geleceğe yönelik muazzam bir fırsattır.

Bu çalışmanın ötesinde, yaklaşım farklı türlerdeki virüsleri özellikle bulaşıcı hastalığı barındırdığı bilinen virüsleri tanımlamak için kullanılabilir. Örneğin, kemirgenler, görünüşte bağışıklık kazanan, ünlü bulaşıcı hastalık taşıyıcılarıdır.

Sivrisinek gibi böcekler, insanlara zarar veren Zika gibi viral hastalık taşıyıcılarıdır. Etkili bir şekilde uygulanırsa, yöntem salgın gerçekleşmeden önce diğer virüsleri ortaya çıkarabilir.

Dr Katzourakis, “Bu tekniğin gerçek güçlerinden biri, daha geleneksel viroloji yaklaşımlarına kıyasla, keşfedilmenin hızı ve hasta bir kişiyi tanımlama konusundaki güvensizliktir. Toplanan viral veriler, aksi takdirde rahatsızlık olarak atılabilir, patogenik virüsleri ve benign virüsleri aramak için keşfedilmemiş olan, keşfedilmemiş bir virüs kaynağı olabilir. ” dedi.

Ekip, daha sonra virüslerin etkisini sağlık alanında veya ekonomi alanında örneğin; ticari balık çiftçiliği için uzun vadeli etkileri olup olmadığını belirlemeye başlayacak. Bulaşıcı bir virüs, doğal kaynağında hastalığa neden olamaz. Çiftlik balıklarına veya yabani popülasyonlara çapraz tür iletimi riski vardır.

Etiketler
1 Oy2 Oy3 Oy4 Oy5 Oy (Henüz oy verilmedi)
Loading...

Benzer Makaleler

Bir cevap yazın

E-posta hesabınız yayımlanmayacak. Gerekli alanlar * ile işaretlenmişlerdir

Close