• Latest
  • Öne Çıkan
Protein Etkileşim Ağları Evrime Işık Tutuyor

Protein Etkileşim Ağları Evrime Işık Tutuyor

27 Şubat 2019
Truva Atı Mekanizması

Truva Atı Mekanizması: Ağlar Cinsiyet Ayrımını Nasıl Azaltır?

18 Nisan 2021
Örümcek Ağlarından Müzik

Örümcek Ağlarından Müzik

14 Nisan 2021
3D Baskı için Hareketli Bir Platform, İsrafı ve Maliyetleri Nasıl Azaltabilir?

3D Baskı için Hareketli Bir Platform, İsrafı ve Maliyetleri Nasıl Azaltabilir?

6 Nisan 2021
Araştırmacılar ‘Açıklanabilir’ Yapay Zeka Algoritması Geliştiriyor

Araştırmacılar ‘Açıklanabilir’ Yapay Zeka Algoritması Geliştiriyor

5 Nisan 2021
Yıldız tozundan soluk mavi noktaya: Karbon’un Dünya’ya yıldızlararası yolculuğu

Yıldız tozundan soluk mavi noktaya: Karbon’un Dünya’ya yıldızlararası yolculuğu

4 Nisan 2021
Organik Güneş Pillerinin Performansını Tahmin Etmek için Makine Öğrenimi

Organik Güneş Pillerinin Performansını Tahmin Etmek için Makine Öğrenimi

1 Şubat 2021
Mühendisler, Robotlar İçin Özelleştirilmiş “Beyinler” Tasarlıyor

Mühendisler, Robotlar İçin Özelleştirilmiş “Beyinler” Tasarlıyor

22 Ocak 2021
Biyo-İlham: Istakozlar, Daha Güçlü 3D Baskılı Beton Yapmaya Nasıl Yardımcı Olabilir?

Biyo-İlham: Istakozlar, Daha Güçlü 3D Baskılı Beton Yapmaya Nasıl Yardımcı Olabilir?

21 Ocak 2021
Mühendisler, Yerel Kuantum Ağları Oluşturmak İçin Dronları Kullanıyor

Mühendisler, Yerel Kuantum Ağları Oluşturmak İçin Dronları Kullanıyor

18 Ocak 2021
İnsan-Robot İşbirliğine Dayalı Montaj Hatlarında, Göçmen Kuşlardan İlham Alan Yeni Bir Algoritma

İnsan-Robot İşbirliğine Dayalı Montaj Hatlarında, Göçmen Kuşlardan İlham Alan Yeni Bir Algoritma

16 Ocak 2021
Kombucha Çayından İlham Alan Mühendisler, ‘Canlı Malzemeler’ Yaratıyor

Kombucha Çayından İlham Alan Mühendisler, ‘Canlı Malzemeler’ Yaratıyor

11 Ocak 2021
Işık Hızında Makine Öğrenimi: Yeni Çalışma, Yapay Zeka İçin Fotonik Yapıların Kullanımını Gösteriyor

Işık Hızında Makine Öğrenimi: Yeni Çalışma, Yapay Zeka İçin Fotonik Yapıların Kullanımını Gösteriyor

7 Ocak 2021
NtboxMag
Pazartesi, Nisan 19, 2021
  • Ana Sayfa
  • Tıp
  • Teknoloji
  • Yazılım
  • Akıllı Sistemler
  • Robotik
  • Bilim
  • Astronomi ve Uzay
  • Fizik/Kimya
No Result
View All Result
NTBOX Magazin
No Result
View All Result

Protein Etkileşim Ağları Evrime Işık Tutuyor

by Editör
27 Şubat 2019
in Bilim
0 0
0
Protein Etkileşim Ağları Evrime Işık Tutuyor

Bilim insanları; fosilleri inceleyerek, doğayı gözlemleyerek ve daha yakın zamanda DNA’da depolanan genetik kodu çözerek evrim hakkında çok fazla şeyi açığa çıkardılar.

Stanford Üniversitesi, Bilgisayar Uzmanları ve Biyologlarından oluşan bir ekip; proteinlerin (DNA tarafından üretilen biyolojik mekanizmalar) tüm yaşamın dayandığı moleküler etkileşimler ağını sürdürmek için nasıl geliştiğini analiz ederek, yeni bir bakış açısıyla evrime ışık tutuyor.

YOU MAY ALSO LIKE

Yıldız tozundan soluk mavi noktaya: Karbon’un Dünya’ya yıldızlararası yolculuğu

Mühendisler, Yerel Kuantum Ağları Oluşturmak İçin Dronları Kullanıyor

Bilim insanları, evrimin doğal koşullar karşısında hayatta kalabilecek yaşam formları oluşturduğunu anlamak için 1.840 türü (bakterilerden primatlara) inceledi. Keşfettikleri şey, derin ancak sezgiseldi: Her tür, protein mekanizmalarını göz önünde bulunduran yedekleme planları geliştirmişti. Daha önce hiç bir çalışma, tüm yaşam için ortak bir hayatta kalma stratejisi bulmak amacıyla böylesine geniş bir canlı türünü araştırmamıştı: Çok yönlü ve güçlü bir moleküler mekanizma…

Stanford Üniversitesi’de Bilgisayar Uzmanı Jure Leskovec: “Çalışmamızın genelinde; bir türün dirençliliğinin, başarısızlığa karşı dayanıklı ve hayatta kalabilmek amacıyla, çeşitli şekillerde etkileşime girebilen protein ağlarına sahip olmakla güçlü bir şekilde ilişkili olduğunu tespit ettik.”

Evrimsel Biyoloji alanında çalışan bilim insanı Marcus Feldma: “Bu, bilim insanlarının ‘protein etkileşim ağı (interaktom)’ olarak adlandırdıkları şeyleri anlamak için şimdiye kadar yapılan en iddialı çaba; tıpkı genomun bir türün DNA’sının toplamını tanımladığı gibi, her bir tür için tüm protein etkileşimlerinin toplamını tanımlamaktadır. Yaşamı mümkün kılan protein ağlarının yapısını incelemek için veri biliminin araçlarını kullanarak, benzeri olmayan bir ölçekte evrim mekanizmasını inceliyoruz.”

Stanford doktora sonrası bilim insanı Marinka Zitnik, çalışmayı yürütmek amacıyla; 1.840 organizmanın veritabanını oluşturarak, 9 milyon protein etkileşimi hakkında veri topladı. Ekibin önceliği, doğal seçilimin bu organizmaların hayatta kalması için uygun olarak tanımlamış olmasıydı. Doğru soruları sorarak ve doğru analitik teknikleri geliştirerek, interaktome evriminin ilkelerini ortaya çıkarmak amacıyla, verilerdeki örnekleri araştırdılar.

Araştırmacılar, protein mekanizmalarının beklenmeyen durumlarla nasıl başa çıktıklarını anlamaya çalıştılar. Bu yüzden, yaşamı sürdüren protein ağlarını bozmak için bir dizi veri bilimi deneyi yaptılar. Hesaplamalı bir analizde, her organizmanın proteinlerinin belirli bir yüzdesini rasgele çıkardılar. Bunu, 1.840 türün tümü için sistematik olarak yaptılar ve sürekli bir tür yedekleme sisteminin, protein ağlarının yaşamı destekleyecek bir şekilde çalışmaya devam etmesine izin verip vermeyeceğini hesapladılar. Bir noktada aksaklıklar protein mekanizmasının parçalanmasına neden oldu.

Leskovec bu analitik yaklaşımı, zemine bir cam levha atıp kaç parçaya bölündüğünü saymaya benzemiştir. Camın yalnızca küçük bir kısmı kırılırsa, bu yüksek bir direnç derecesini gösterir. Benzer şekilde, bir organizmanın protein ağları bazı proteinler çıkarıldığında bile büyük oranda sağlam kalırsa, bu organizmanın dirençli olduğunu gösterir. Çalışma, organizmaların; protein ağlarının sistem bütünlüğünü koruma yeteneği ile her türlü yedekleme ve geçici çözüm mekanizmasından dolayı çöküş gösterdiğini ortaya koyuyor.

Araştırmacılar, bu ağ dirençliliği kavramını ikinci bir yolla desteklediler. Türleri zaman içinde karşılaştırmak amacıyla, bu çöküş tekniğini kullandılar. Fosil kayıtlarına ve DNA çalışmalarına dayanarak; bilim insanları, numunedeki çeşitli yaşam formlarının evrimde ortaya çıkış sırasını kabaca tahmin edebilirler. Eğer, protein ağının dayanıklılığı evrimsel olarak bir avantaj sağlarsa, daha sonra gelişen organizmalar, önceki yaşam formlarından daha kırılmaz ağlara sahip olmalıdır. Araştırmacılar bu hipotez üzerinde durmaktadır.

Leskovec, genom ve interaktomu birlikte inceleyerek veri bilimcilerin evrimin nasıl işlediğini daha iyi anlayabileceğine inanıyor. Organizmaların zaman içinde nasıl oluştuğu ve geliştiği hakkında bilgiler genomda depolanır. Ancak bu çalışmanın gösterdiği gibi interaktom da evrim için önemlidir: DNA, değişen koşullara uyum sağlamak için yedekleme süreçleri geliştiren protein ağları oluşturur ve düzenler. Bazı durumlarda, bu adaptasyonlar; genomunun bu protein gelişimlerini koruyarak, kalıtsal olabilmeleri adına türler için çok faydalıdır.

Leskovec: “Genler her şeyi açıklayamaz. Proteinlerin kantitatif özelliklerini ve etkileşimli ağlarının hesaplamalı modellerini keşfederek organizmaların birçok özelliği hakkında derinlemesine bilgi edinebiliriz.”

Tags: biyolojik mekanizmalardoğal seçilimevrimEvrimsel Biyolojigenetik kodinteraktomJure Leskoveckantitatif özelliklerMarcus FeldmaMarinka Zitnikmoleküler etkileşim ağıprotein ağlarıprotein etkileşim ağıprotein mekanizmalarıProteinlerStanford Üniversitesi
ShareTweetShare

Search

No Result
View All Result

Recent News

Truva Atı Mekanizması

Truva Atı Mekanizması: Ağlar Cinsiyet Ayrımını Nasıl Azaltır?

18 Nisan 2021
Örümcek Ağlarından Müzik

Örümcek Ağlarından Müzik

14 Nisan 2021
3D Baskı için Hareketli Bir Platform, İsrafı ve Maliyetleri Nasıl Azaltabilir?

3D Baskı için Hareketli Bir Platform, İsrafı ve Maliyetleri Nasıl Azaltabilir?

6 Nisan 2021
  • Anasayfa
  • Gizlilik Koşulları
  • Reklam

© 2020 NtboxMag.com

No Result
View All Result
  • Ana Sayfa
  • Tıp
  • Teknoloji
  • Yazılım
  • Akıllı Sistemler
  • Robotik
  • Bilim
  • Astronomi ve Uzay
  • Fizik/Kimya

© 2020 NtboxMag.com

Welcome Back!

Login to your account below

Forgotten Password?

Create New Account!

Fill the forms bellow to register

All fields are required. Log In

Retrieve your password

Please enter your username or email address to reset your password.

Log In