• Latest
  • Öne Çıkan
Yerinde Genom Analizi

Yerinde Genom Analizi

15 Mart 2019
Truva Atı Mekanizması

Truva Atı Mekanizması: Ağlar Cinsiyet Ayrımını Nasıl Azaltır?

18 Nisan 2021
Örümcek Ağlarından Müzik

Örümcek Ağlarından Müzik

14 Nisan 2021
3D Baskı için Hareketli Bir Platform, İsrafı ve Maliyetleri Nasıl Azaltabilir?

3D Baskı için Hareketli Bir Platform, İsrafı ve Maliyetleri Nasıl Azaltabilir?

6 Nisan 2021
Araştırmacılar ‘Açıklanabilir’ Yapay Zeka Algoritması Geliştiriyor

Araştırmacılar ‘Açıklanabilir’ Yapay Zeka Algoritması Geliştiriyor

5 Nisan 2021
Yıldız tozundan soluk mavi noktaya: Karbon’un Dünya’ya yıldızlararası yolculuğu

Yıldız tozundan soluk mavi noktaya: Karbon’un Dünya’ya yıldızlararası yolculuğu

4 Nisan 2021
Organik Güneş Pillerinin Performansını Tahmin Etmek için Makine Öğrenimi

Organik Güneş Pillerinin Performansını Tahmin Etmek için Makine Öğrenimi

1 Şubat 2021
Mühendisler, Robotlar İçin Özelleştirilmiş “Beyinler” Tasarlıyor

Mühendisler, Robotlar İçin Özelleştirilmiş “Beyinler” Tasarlıyor

22 Ocak 2021
Biyo-İlham: Istakozlar, Daha Güçlü 3D Baskılı Beton Yapmaya Nasıl Yardımcı Olabilir?

Biyo-İlham: Istakozlar, Daha Güçlü 3D Baskılı Beton Yapmaya Nasıl Yardımcı Olabilir?

21 Ocak 2021
Mühendisler, Yerel Kuantum Ağları Oluşturmak İçin Dronları Kullanıyor

Mühendisler, Yerel Kuantum Ağları Oluşturmak İçin Dronları Kullanıyor

18 Ocak 2021
İnsan-Robot İşbirliğine Dayalı Montaj Hatlarında, Göçmen Kuşlardan İlham Alan Yeni Bir Algoritma

İnsan-Robot İşbirliğine Dayalı Montaj Hatlarında, Göçmen Kuşlardan İlham Alan Yeni Bir Algoritma

16 Ocak 2021
Kombucha Çayından İlham Alan Mühendisler, ‘Canlı Malzemeler’ Yaratıyor

Kombucha Çayından İlham Alan Mühendisler, ‘Canlı Malzemeler’ Yaratıyor

11 Ocak 2021
Işık Hızında Makine Öğrenimi: Yeni Çalışma, Yapay Zeka İçin Fotonik Yapıların Kullanımını Gösteriyor

Işık Hızında Makine Öğrenimi: Yeni Çalışma, Yapay Zeka İçin Fotonik Yapıların Kullanımını Gösteriyor

7 Ocak 2021
NtboxMag
Pazartesi, Nisan 19, 2021
  • Ana Sayfa
  • Tıp
  • Teknoloji
  • Yazılım
  • Akıllı Sistemler
  • Robotik
  • Bilim
  • Astronomi ve Uzay
  • Fizik/Kimya
No Result
View All Result
NTBOX Magazin
No Result
View All Result

Yerinde Genom Analizi

by Editör
15 Mart 2019
in Yazılım
0 0
0
Yerinde Genom Analizi

phys

Genomu (organizmanın tüm DNA’sı) okuma yeteneği, insan sağlığını ve hastalığını anlama konusunda büyük bir potansiyele sahiptir.

Garvan Tıbbi Araştırma Enstitüsü ve UNSW Sydney‘deki araştırmacılar; doğru analiz yapabilen bir bilgisayar algoritmasını, mevcut programlardan çok daha az bilgisayar belleği ile uyarlayarak, genom analizini ‘çevrimdışı’ yapmak için yeni bir yöntem yayınladılar. Bilim insanlarının algoritması; bir akıllı telefon kadar küçük cihazların hesaplama hafızasını kullanarak, uzak yerlerde veya hastane yatağında bulaşıcı hastalıkları tanımlamayı mümkün kılabilir.

YOU MAY ALSO LIKE

Örümcek Ağlarından Müzik

3D Baskı için Hareketli Bir Platform, İsrafı ve Maliyetleri Nasıl Azaltabilir?

Sınırsız Genomik

Oxford Nanopore Technologies MinION sıralayıcıları gibi tüm genomları sıralayabilen cihazlar; günümüzde bir akıllı telefona bağlanacak kadar küçüktür. Yeni Gine’deki Ebola virüsünü ve Brezilya’daki Zika virüsünü izlemek için zaten kullanılmaktadır.

Bu tür cihazlar 48 saat içinde bir terabayttan fazla veri oluşturabilir. Ancak kullanımları sınırlıdır, çünkü DNA’yı bilinmeyen bir numuneden, bilinen genomların referans veritabanına karşılaştırmak veya ‘hizalamak’ hesaplama açısından yoğundur. Şimdiye kadar, bu işlem yalnızca yüksek performanslı bilgisayar iş istasyonlarında ya da bir internet bağlantısında mümkündü.

Garvan Enstitüsü’nün Kinghorn Klinik Genom Merkezi’ndeki Genomik Teknolojilerin Takım Lideri Dr. Martin Smith ve ekibi; genomik dizileri 16GB’tan 2GB’a hizalamak için, gerekli bellek miktarını nasıl azaltılabileceğini hesaplayarak, mümkün olan olay yerinde yapılacak analiz için tipik bir akıllı telefondaki mevcut belleği kullanır.

Dr Smith: “İnsan sağlığını iyileştirmek için genomik teknolojileri daha erişilebilir hale getirmeye odaklandık. Daha da küçülüyorlar, ancak hala uzak alanlarda çalışmaya ihtiyaç duyuyorlar. Bu nedenle genomik verileri gerçek zamanlı olarak yalnızca bir mobil cihazda analiz edebilecek bir yöntem yarattık.”

Bölmek ve Fethetmek

Ekip; DNA sıralamasını ‘okuduğunu’ bilinen genomların referans kitaplığına hizalayan, Minimap2 programını uyarladı. Referans kütüphanesi genellikle sıralanır veya indekslenir. Bu, sekans okumalarını bir referans genomundaki karşılık gelen pozisyonlarına hızlı bir şekilde eşlemeye yardımcı olur.

Dr Smith: “Şimdiye kadarki zorluk, referans endeksinin çok fazla bilgisayar belleği gerektirmesiydi. Referans kütüphanesini; DNA’nın okuduğu, daha küçük bölümlere ayırma yaklaşımını ele aldık. Küçük bölümlere eşlemeyi bitirdikten sonra sonuçları bir araya toplayıp, bir panorama oluştururken olduğu gibi, sesi bir araya getirdik.
Referans verilerini bölmeye benzer bir yaklaşıma sahip olan diğer algoritmalar; tıpkı panoramadaki üst üste binen fotoğraflar gibi çok sayıda sahte ve yinelenen haritalama üretiyor. Bu çalışmada yaptığımız şey; parametreleri ayarlamak ve en iyi eşlemeleri seçmek oldu. Birkaç küçük endeks arasında bu yaklaşım bize daha önce yüksek performanslı bilgisayarlarda mevcut olan belleği gerektiren mevcut standart genomik analizlerle benzer bir doğruluk verdi. “

Smith’in takımı algoritmalarının doğruluğunu standart genomik iş akışlarıyla karşılaştırdı. Sonuçları sadece hizalamaların %99.98’ini üretmekle kalmadı, aynı zamanda daha küçük endeks segmentleri kullanarak, takım sıralama okumalarının %1’ini de haritalayabildi.

Dr Smith; hafif, taşınabilir genomik analiz potansiyelinin çok büyük olduğunu belirtiyor.

Tags: DNADr. Martin SmithEbola virüsüGarvan Tıbbi Araştırma Enstitüsügenom analizigenomik dizilerMinimap2Oxford Nanopore Technologies MinIONSınırsız GenomikUNSWZika Virüsü
ShareTweetShare

Search

No Result
View All Result

Recent News

Truva Atı Mekanizması

Truva Atı Mekanizması: Ağlar Cinsiyet Ayrımını Nasıl Azaltır?

18 Nisan 2021
Örümcek Ağlarından Müzik

Örümcek Ağlarından Müzik

14 Nisan 2021
3D Baskı için Hareketli Bir Platform, İsrafı ve Maliyetleri Nasıl Azaltabilir?

3D Baskı için Hareketli Bir Platform, İsrafı ve Maliyetleri Nasıl Azaltabilir?

6 Nisan 2021
  • Anasayfa
  • Gizlilik Koşulları
  • Reklam

© 2020 NtboxMag.com

No Result
View All Result
  • Ana Sayfa
  • Tıp
  • Teknoloji
  • Yazılım
  • Akıllı Sistemler
  • Robotik
  • Bilim
  • Astronomi ve Uzay
  • Fizik/Kimya

© 2020 NtboxMag.com

Welcome Back!

Login to your account below

Forgotten Password?

Create New Account!

Fill the forms bellow to register

All fields are required. Log In

Retrieve your password

Please enter your username or email address to reset your password.

Log In