Yeni geliştirilen kamuya açık veritabanı, biyolojik örneklerle ilişkili meta verileri kataloglayarak, araştırmacıların çevresel ve ekolojik analiz için genetik verileri paylaşmasını ve yeniden kullanmasını kolaylaştıracak.
Genomik Rasathaneler Metadatabase (GeOMe) adı verilen kaynak, Smithsonian Ulusal Doğa Tarihi Müzesi’ndeki araştırmacılar ve sekiz müze ile araştırma kuruluşu tarafından geliştirildi. Kaynak yayınlanan genetik verileri, şimdiye kadar yaygın olarak paylaşılan veri tabanlarından eksik olan bağlamsal bilgileri sağlayarak örneklerin toplandığı yer ve zaman kayıtlarına bağlıyor.
Bu tür bilgiler, dünya üzerindeki farklı yerlerde biyoçeşitliliği karşılaştırmak ve zaman içinde izlemek için kritik önem taşır. Ancak araştırmacı topluluk içinde daha fazla veri paylaşımı çağrısı yapılmasına rağmen, araştırmacılar şu ana kadar bu bilgileri kolaylıkla erişilebilecek araçlardan yoksundu.
Veritabanının geliştiricileri, bu meta verilerin standartlaştırılması ve korunmasının, araştırmacıların zaten topladıkları genetik dizilim verilerinin değerini büyük ölçüde artıracağını söyledi. GeOMe ile araştırmacılar dünyadaki belirli zamanlarda ve yerde toplanan genetik verileri bulabilir ve bunlara erişebilirler.
Böylece gezegendeki yaşamın yapısı ve sürdürülebilirliği hakkında büyük sorular sorulabilir. Örneğin, dünyanın herhangi bir yerindeki yüksek irtifa sakinlerinin gezegenin iklimi değiştikçe nasıl bir kayma yaptığını araştırıyor olabilirler.
Geome‘nin gelişmesine öncülük eden Ulusal Doğal Tarih Müzesi‘nde araştırmacı bir zoolog olan Christopher Meyer, “Küresel değişimle biyoçeşitliliği izlemek işbirliği amaçlı bir çabadır. Bunu kendi başımıza yapamayız. GeOMe, bilimsel çalışmaların toplamının bireysel araştırma ürünlerini aşmasını sağlayarak, büyük veriler ve buna bağlı olarak gelecek keşfedilecek. ” dedi.
Ekolojik örnekleri analiz eden bilim adamları, ister okyanustan, tatlı sudan, topraklardan toplanan bitkiler ister hayvanlar veya mikropların tüm toplulukları olsun, bu numunelerin ne zaman alındığını takip etmek için kendi sistemlerine sahipler. Fakat daha geniş araştırma topluluğu için bu tür bilgilerin edinilmesi zor ve kapsamlı bir şekilde aranması imkansızdır.
GeOMe Veritabanı
GeOMe, örneklerin zamansal, çevresel, coğrafi ve bilimsel bağlamı hakkındaki bilgileri Biyoteknoloji Ulusal Merkezi tarafından depolanan genetik dizi verilerine kalıcı olarak bağlayarak çözüme ulaştırır.
Meyer, kendisinin ve meslektaşlarının keşfi hızlandırmak için güçlü bir araç olacağını bildikleri için GeOMe veritabanınıgeliştirmeye zaman ve kaynaklarını ayırdığını söyledi.
Müze bilimcileri, bilgiyi takip etme ve korumanın değerini bilirler. Meyer, biyoçeşitlilik konusunda bilgi ediniminde ve yaygınlaştırılmasında lider olarak Ulusal Doğal Tarih Müzesi‘nin kilit rol oynamasının önemli olduğunu söyledi.
GeOMe‘nin geliştiricileri, California State Üniversitesi’ndeki Eric Crandall, Monterey Körfezi, Hawai’i Marine Biology Enstitüsü’ndeki Michelle Gaither ve Berkeley Doğal Tarih Müzelerindeki John Deck, kaynakların kullanımının kolay ve uyumlu olması için çalıştılar.
Araştırmalar topluluğu tarafından ücretsiz olarak temin edilebilen veri tabanı ve araç kiti ile bilimsel dergiler, yazarların meta verilerini, genetik dizilim verileri için olduğu gibi, aranabilir ve standartlaştırılmış bir biçimde sunmalarını zorunlu hale getirebilirler.
Ekip, GeOMe‘deki verilerin, Genomic Standards Consortium ve Biyoçeşitlilik Bilgi Standartları organizasyonu tarafından geliştirilen standartlara uyacağını ve bu şekilde göndericilerin her örnek için aynı temel bilgileri yakalayıp kaydedeceğini belirtiyor. Bu standartlar, gelecekte araştırmacıların veri kümeleri üzerinde analiz yapmalarını sağlayacaktır.
Meyer, “Biyoçeşitlilik konusundaki bilgimiz genetik verilerle yazılmaktadır. Ancak veriler kaynak bağlamında bulunmadığınız sürece çok fazla bir şey ifade etmemektedir. Şu an böyle bir aracı uygulamaya başlamazsak, verilerimiz kalıcılık açısından daha az yararlı olacaktır.” dedi.
