Karolinska Institutet ve Göteborg Üniversitesi’ndeki bilim insanları, CRISPR metodolojisinin kullanılmasını kolaylaştıracak, bir web tabanlı yazılım olan Green Listed’ı oluşturdu. Yazılımın içeriği, Bioinformatics dergisinde yayınlandı.
Hücreler çok küçüktür ve bir organizma oluştururlar. Bir insanın, tüm insanlarda olduğu gibi, vücudunda yaklaşık 100 kat daha fazla hücre vardır. Bu hücrelerin büyük çoğunluğunda uzun zincir DNA bulunur. Bu DNA zincirleri, farklı hücrelerin nasıl görünüp, davrandıklarını etkiler. CRISPR, DNA’nın farklı bölümlerinin, hücreleri doğrudan nasıl etkilediğini hızla incelemek için kullanılabilen, bir araştırma yöntemidir. Bu metodu kullanan araştırmacılar, hastalıkların sebebini anlamalı ve nasıl tedavi edilebilecekleri konusunda önerilerde bulunabilmelidir.
Frederic Wermeling, “CRISPR metodolojisini hem bağışıklık hücrelerini hem de kanser hücrelerini incelemek için kullanıyoruz”diyor.
The Center for Molecular Medicine (CMM)‘ndeki Fredrik Wermeling, bağışıklık sistemi ile ilişkili artritler ve kanser hastaları için yeni tedaviler geliştirmeyi amaçlıyor. / (CMM), Tıp Fakültesi, Karolinska Enstitüsü.
Green Listed, CRISPR metodolojisi ile çalışmayı kolaylaştırıyor
CRISPR yöntemi, birçok bakteride doğal olarak bulunan bir sisteme dayanıyor ve son birkaç yıldır bu yöntem çok dikkat çekiyor. CRISPR’yi kullanmak için çok güçlü bir yol, aynı anda DNA’nın farklı bölümleri de paralel çalışmaktadır, buna CRISPR Ekranı denir. ” Green Listed ” özellikle bu tür büyük ölçekli çalışmaları kolaylaştırmak için kullanılır.
“CRISPR metodolojisini araştırmamızda uygulayarak, şimdi birkaç yıldır anlamaya çalıştığımız olguları açıklayabiliriz: Bu, öncelikle CRISPR ekran deneyleriyle ilgilidir, burada paralel olarak izole edilmiş hücrelerin DNA’sının seçilmiş birkaç bölümünü değiştirebiliriz.” diye açıklamada bulunan Fredern Wermeling, Green Listed yazılımının bu süreci önemli ölçüde basitleştirdiğini ve ilerleme için çok önemli olduğunu söyledi.
DNA bir yemek kitabı gibidir
DNA, araştırmacıların sıklıkla kullandığı soyut bir kavramdır. Fredrik, DNA’yı, hücrelerin içinde dolaştığı bir yemek kitabına benzediğini öne sürüyor.
“Bir insanı oluşturan hücrelerin farklı olması, farklı bir şekilde yemek kitaplarının farklı tariflerini kullanması gibidir. Birçok hastalık, hastanın DNA’sındaki değişiklikler nedeniyle bir dereceye kadar açıklanabilir. Yemek kitabı örneğine indirgersek, bu, yemek kitabındaki bir veya daha fazla tarifin değiştiği anlamına gelir. Bir yemek kitabında bir tarifi değiştirirseniz, nihai ürünün kökten farklı olduğunu düşünmek kolaydır. Bir çorba kaşığı şekeri, bir çorba kaşığı tuza dönüştürerek CRISPR yöntemi ile bireysel yalıtılmış hücrelerde bu gibi değişiklikleri hızla yapabilir ve böylece çalışacağımız hastalıkları öğrenebiliriz “dedi.
Proje, İsveç Araştırma Konseyi, İsveç Stratejik Araştırmalar Vakfı, Wenner-Gren Vakıfları, Jeanssons Vakıfları, BILS (Yaşam Bilimleri için Ulusal Biyoinformatik Altyapı) ve Karolinska Enstitüsü tarafından maddi olarak desteklendi.
